El Colegio San Francisco Javier de Huechuraba procura una educación de excelencia, ofreciendo metodologías, contenidos y recursos que permitan a sus alumnos prepararse a conciencia y en forma responsable para lograr la plenitud personal, en un mundo de exigencias y cambios constantes.

El programa de estudio se centra en áreas que se trabajan en espacios de trabajo personal y trabajo colectivo como rincones de lenguaje y comunicación, educación matemáticas, comprensión del medio social y comprensión del medio natural dentro del aula hasta 4° básico.

Dentro de la postura de formación integral el programa da fundamental importancia al inglés, aplicando una parte sustancial de las horas curriculares al aprendizaje del idioma.

Las áreas de deporte, música y artes tienen un fuerte énfasis en las actividades del colegio, dentro como fuera del aula a través de talleres, campeonatos, festivales, exposiciones, concursos de baile, etc. El colegio considera fundamental en la formación del alumno el deporte y la cultura.

El colegio ha implementado los departamentos de tecnología e informática para incorporar a los alumnos a las tecnologías de la información y las habilidades de pensamiento superior.

Como colegio católico todos los alumnos tienen clases semanales de teología y desde 3° medio de filosofía.

El programa curricular incluye el desarrollo de habilidades y actitudes incorporadas transversalmente y en forma coordinada y secuenciada desde pre-kinder a 4° medio.